有害生物防治具有多方面的重要作用，主要體現在以下幾個領域：
保障人類健康
減少疾病傳播：許多有害生物如蚊子、蒼蠅、老鼠等是多種疾病的傳播媒介。例如，蚊子可傳播瘧疾、登革熱、 Zika 病毒等，蒼蠅能傳播霍亂、痢疾、傷寒等腸道傳染病，老鼠可傳播鼠疫、流行性出血熱等。通過有害生物防治，能有效降低這些疾病的傳播風險，保護人類身體健康。
改善生活環境：蟑螂、臭蟲等有害生物會污染食物、破壞家居環境，給人們的生活帶來諸多困擾和不衛生因素。進行有害生物防治可以消除這些害蟲，使人們的生活空間更加清潔、舒適，提高生活質量。
保護農業生產
提高農作物產量：害蟲是農業生產的大敵，如蝗蟲、棉鈴蟲、玉米螟等會大量啃食農作物的葉片、莖稈、果實等，導致農作物減產甚至絕收。雜草與農作物爭奪養分、水分和陽光，影響農作物的生長發育。有害生物防治能夠控制害蟲和雜草的數量，保障農作物的正常生長，從而提高農作物的產量。
保證農產品質量：有害生物的侵害可能導致農作物感染病蟲害，影響農產品的品質，如出現病斑、腐爛、畸形等。同時，為了控制病蟲害，若過度使用農藥，又會造成農藥殘留超標，危害人體健康。科學的有害生物防治可以采用綜合防治措施，減少農藥使用量，保證農產品的質量安全，符合人們對綠色、健康食品的需求。
維護生態平衡
保護生物多樣性：一些外來入侵物種或有害生物可能會對本地的生態系統造成嚴重破壞，排擠本地物種，導致生物多樣性下降。例如，水葫蘆在我國一些水域大量繁殖，堵塞河道，影響水生生物的生存，破壞水生態系統的平衡。通過有害生物防治，能夠控制外來入侵物種和有害生物的擴散，保護本地的動植物資源，維護生物多樣性。
維持生態系統穩定：生態系統中的各種生物之間存在著復雜的相互關系，有害生物數量的失控可能會打破這種平衡，影響生態系統的正常功能。例如，害蟲過度繁殖可能會導致某些植物數量減少，進而影響以這些植物為食的動物，引發連鎖反應。有害生物防治有助于保持生態系統中各生物種群數量的相對穩定，維持生態系統的平衡和穩定。
保護建筑和基礎設施
防止建筑結構損壞：白蟻以木材為食，會對建筑物的木結構造成嚴重破壞，如房屋的梁、柱、門窗等，降低建筑物的結構穩定性，縮短建筑物的使用壽命。此外，老鼠等動物也可能會啃咬電線、管道等，引發安全隱患。有害生物防治可以及時發現和處理這些問題，保護建筑結構的安全。
保障基礎設施運行：在一些工業設施、交通設施等場所，有害生物的存在可能會影響設備的正常運行。例如，鳥類在電力設施上筑巢可能會導致短路故障，影響供電安全；老鼠啃咬鐵路信號電纜可能會導致信號故障，影響鐵路運輸安全。通過有害生物防治，可以減少這些因有害生物引發的故障，保障基礎設施的正常運行。
